Trước cuộc thi nửa tháng, thí sinh Nguyễn Thị Thành xin rút lui vì lý do cá nhân. Có tin trên mạng xã hội, cô rút lui vì bị phát hiện dùng phẫu thuật thẩm mỹ. Tuy nhiên, ngày 10/8, người đại diện truyền thông của cô cho rằng cô bị Ban tổ chức Hoa hậu Việt Nam gây áp lực, buộc phải rút lui cuộc thi.[6]

Thí sinh Lê Trần Ngọc Trân đến từ Huế cũng rút lui cuộc thi. Cô bị tố cáo là đạt danh hiệu á hậu tại cuộc thi Kim Mộc Hỏa Thổ (Hoa hậu Việt Nam Thế giới 2014) tại Nhật Bản. Ngay sau đó, cô bị tước danh hiệu vì bị phát hiện giả mạo chữ ký của cơ quan chức năng. Đại diện ban tổ chức Hoa hậu Việt Nam 2016 nhận đơn rút lui của cô ngày 14 tháng 8. Ngọc Trân thừa nhận đã tham gia cuộc thi Kim Mộc Hỏa Thổ mà không xin phép cơ quan chức năng, và phủ nhận chuyện giả mạo chữ ký.[7]

Thí sinh Nguyễn Thị Ngọc Vân không đáp ứng điều kiện "vẻ đẹp tự nhiên" để tham gia cuộc thi cho nên cũng bị loại.[8]

Ngoài ra, các thí sinh Phạm Châu Tường Vi (Kiên Giang), Trần Ngô Thu Thảo (Tiền Giang), Nguyễn Thị Như Thủy (Đà Nẵng) xin được rút khỏi Vòng chung kết cuộc thi Hoa hậu Việt Nam 2016 vì những lý do cá nhân khác nhau.